Возможны оба варианта в зависимости от контекста.
Правильно слитное написание.
Выделять слово фактически не нужно.
Слово фактически не является вводным и не требует обособления. См. также в «Справочнике по пунктуации»: ФАКТИЧЕСКИ.
В обоих случаях не следует писать раздельно, так как при определении есть зависимое слово фактически.
Если нет зависимых слов - "не выполнило своих обязательств". При наличии таковых - "не выполнило свои обязательства в части..."
Слово фактически не является вводным и не требует обособления.