Нужны обе запятые. Таким образом – вводное сочетание, ввиду того что – составной подчинительный союз, начинающий придаточное предложение. Наличие перед союзом вводного слова – одно из условий расчленения союза (постановки запятой между его частями).
Запятая нужна, если слова таким образом употреблены как вводные в значении 'следовательно'. Если же эти слова употреблены в прямом значении (то же, что 'таким способом'), запятую ставить не надо.
Если слова таким образом употреблены как вводные в значении 'следовательно', запятые нужны. Если же эти слова употреблены в прямом значении (то же, что 'таким способом'), обособление не требуется.
В Вашем примере пунктуация также зависит от смысла: Таким образом, выявленные нарушения могут повлиять на достоверность отчетности (=следовательно, нарушения могут повлиять) или Таким образом выявленные нарушения могут повлиять на достоверность отчетности (=таким способом нарушения могут повлиять).