Название в кавычках при родовом слове не склоняется: ученица школы «Интеграция».
Это просторечие или диалектизм.
Запятая перед сибирская не нужна.
Пшенный и пшено - однокоренные слова. Пшеница и пшено - этимологически родственные слова.
Правильно: Иванова Е., ученица муниципального образовательного учреждения «Озёрная СОШ № 9».
В интересующем Вас случае возможно как раздельное написание (которое подчеркивает отрицание), так и слитное (подчеркивающее утверждение): Моя дочь не плохая ученица и Моя дочь неплохая ученица.
Да, возможно.
Запятые расставлены верно.