Вы рассуждаете верно: подлежащее — суть, а в том — составное именное сказуемое (связка нулевая).
Примеры с сайта ФИПИ и в самом деле содержат ошибки. Но заключаются они не просто в дистантном расположении причастного оборота (обособленного определения), а в таком расположении, когда это определение следует после всей грамматической основы предложения, в которой подлежащее предшествует сказуемому. В примерах же из Воробьева и Булгакова обособленные определения предшествуют грамматической основе. Если обособленное определение подчинено подлежащему, оно может предшествовать ему и находиться где угодно до этого подлежащего. Если же оно подчинено подлежащему, но находится после него, то между подлежащим и этим определением могут находиться только такие другие члены предложения, которые тоже подчинены подлежащему. Начало состава сказуемого — Рубикон, пересекать который постпозитивному определению (к подлежащему) запрещено. В предложениях с сайта ФИПИ имеются подлежащие (Нефтяные) загрязнения и Экология, остальное же (являются угрозой всему живому в Мировом океане и является одной из молодых наук) — состав сказуемого. Ошибка и заключается в том, что в обоих случаях определение к подлежащему, находящемуся в начале предложения, помещено после состава сказуемого: при этом, как очевидно, возникает впечатление рассогласования, так как при восприятии предложения мы ищем «хозяина» определения в ближайшем слева существительном, а оно ни «хозяином» не является, ни соответствующей падежной формы не имеет.
Так что формулировка «дистантное расположение обособленного определения» ущербна, она далеко не полно отражает суть дела.
Слово нетрадиционный зафиксировано в словарях в значении 'не являющийся традиционным; связанный с отступлением, отказом от традиций; свежий; новаторский' и «двусмысленности» не несет. Прилагательное вполне может употребляться в терминологическом сочетании нетрадиционные техники рисования.
Слово суть может употребляться не только как существительное, но и как связка (бывшая форма мн. ч. 3-го л. глагола есть): Понятия, принимаемые почти всеми историками, суть свобода, равенство, прогресс, цивилизация, культура.
Мы не выполняем домашние задания.
В первых двух примерах сравнительные обороты не входят в состав сказуемого, но тесно связаны с ним по смыслу; суть не в том, что надо вязать, а в том, как именно это надо делать: Вяжите как 48-й ряд. Вяжите как перед. В последнем примере сравнительный оборот уточняет обстоятельство с изнаночной стороны и, как любое уточнение, обособляется: Присоедините цепочку с изнаночной стороны, как в 48-м ряду.
Подлежащее отнюдь не обязано обозначать кого-то или что-то, кто (или что) выполняет действие. Точно так же, как сказуемое не обязано обозначать именно действие. В предложении Математика — интересная наука ни подлежащее, ни сказуемое не обозначают ни действия, ни того, кто его выполняет, но ведь это не означает, что в этом предложении нет подлежащего и сказуемого. В предложениях тождества (а к ним относятся оба примера: и про учительницу, и про математику) речи о действиях вообще не идет.
Вы правы, однако, в том, что предложения с подлежащим это стоят особняком и отличаются даже от предложений типа Математика — интересная наука. Обычное свойство стандартного подлежащего — контроль согласовательной формы сказуемого. Это значит, что глагол-сказуемое или вспомогательный глагол-связка в составе сказуемого должен принять форму того же рода, что и существительное-подлежащее. Например: Наша учительница была педагог с огромным стажем. Связка была принимает форму ж. р., потому что в подлежащем — сущ. ж. р. Если речь идет, наоборот, о мужчине, увидим иную картину: Наш директор был хитрая лиса. Ни в первом, ни во втором случаях род существительного — именного компонента сказуемого не оказывает влияния на форму рода связки.
Но как только позицию подлежащего занимает местоимение это (и то), оно уступает контроль согласовательной формы сказуемого именному компоненту этого сказуемого — что и наблюдается в вашем примере. Ср. также: Ах, витязь, то была Наина! (Пушкин).
Есть еще одна особенность: при обычном подлежащем форма И. п. в сказуемом может чередоваться с формой Т. п. (Наша учительница была опытным педагогом; Наш директор был хитрой лисой), а при подлежащем это такое чередование невозможно.
Но на этом особенности предложений с подлежащим это заканчиваются. В вашем примере — предложение, суть которого заключается в отождествлении двух сущностей. Разница с примерами про директора и подобными им только в том, что обычное подлежащее называет предмет или лицо, идентифицируемое с кем-то или чем-то, а в данном случае подлежащее только указывает на него.
Можно еще добавить, что функция идентификации в предложениях тождества часто совмещается с функцией характеризации, а иногда и вытесняется ею: это особенно хорошо видно в примере про директора — хитрую лису.
И еще одно: на самом деле, когда нам нужно сообщить о приходе кого-либо, мы используем соответствующий глагол (например, пришла). Употребить в этом смысле была невозможно: нас просто неверно поймут. Глагол-связка не обозначает ни действия, ни состояния, он лишь выражает необходимые грамматические значения, которые именным частям речи недоступны.
В примерах 4 и 5 уместнее использовать тире вместо двоеточия и запятой соответственно.
Если мы правильно угадали суть Вашего оставшегося за кадром вопроса, то и здесь корректно использовать кавычки разного рисунка: Шишкин разругал картину Репина с плотами на реке: «Ведь вот эти брёвна в воде... Должно быть ясно: какие брёвна — еловые, сосновые? А то что же, какие-то „стоеросовые“!»
Если высказывание передается не дословно, то правила постановки знаков при прямой речи применять не требуется; два приложения, расположенные перед определяемым словом и характеризующие человека с разных сторон, не разделяются запятой: В результате на фасаде дома должен появиться мурал с портретом героя, рассказал участник проекта художник Иван Иванов.
