Если в употреблении стихийно закрепляется вариант один клавес, не видим причин этому сопротивляться. В русском языке немало заимствований, форма единственного числа которых восходит к форме множественного числа в языке-источнике. Рельс, кекс, пирс, клапан, локон и др. — все эти слова в тех языках, откуда они заимствованы, являются формами множественного числа.

Мониторинг узуса производится постоянно, и именно наблюдения за изменениями в употреблении приводят к корректировке словарей и справочников. Особенно легко это обнаружить на примере изменения норм орфоэпии. Поэтому так важно обращаться за справками к наиболее современным изданиям.

Трудно дать единственный общий совет. Каждый такой случай нужно разбирать отдельно. Например, в названии "полимедэл" использование Э оборотного вполне уместно, если это слово образовано способом аббревиации и в его состав входит компонент ЭЛ - электризованный.

Что же касается слова стендовер, то вряд ли можно считать в данном случае написание с Э правильным, поскольку в русском языке давно существует существительное стенд, а также слова стендовый, стендист, которые пишутся с Е.

Должны заметить, что составителям орфографических справочников часто приходится мирить орфографическую теорию и во многом стихийно складывающуся практику письма, отсюда и те непоследовательности, на которые Вы указываете. Вопрос об употреблении Е или Э на месте звука [e] перед твердой согласной - один из самых сложных в этом отношении вопросов современной русской орфографии.