Верно: Слово «стеклянный» — исключение из правила о...
Исторически это однокоренные слова: в слове склянка корень стькл- подвергся упрощению (ср. диал. скло, скляный). В современном русском языке слова стеклянный и склянка не являются однокоренными: в словообразовательных и морфемных словарях они разведены. Отметим, впрочем, что в пособиях по правописанию эти слова упоминаются рядом в разделе «Непроизносимые согласные» с указанием на то, что пишется склянка вопреки проверке словами стекло, стеклянный. Это запретительное указание свидетельствует о том, что родство слов склянка и стеклянный носителями языка осознается.
Корень стекл-. Интересно, какие «новые правила» имел в виду учитель?
См. ответ на вопрос № 255311.
Написание суффиксов этих слов проверяется в словарном порядке (или запоминается). Это слова-исключения.
1. Да, по наблюдениям лингвистов, функции тире расширяются. 2. У нас нет доказательств правомерности такого объяснения этих исключений.