Аббревиатура СНиП может использоваться как существительное мужского рода в единственном числе (и склоняться) и как существительное во множественном числе (в этом случае оно не склоняется). См. в словаре.
Если далее нет номера, нужно склонять: в соответствии со СНиПом.
Правильное окончание творительного падежа: новЫМ, учитывающИМ.
Достаточных оснований для постановки запятой нет.