В «Справочнике по правописанию, произношению, литературному редактированию» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указано, что названия станций и портов не согласуются с родовыми наименованиями: на железнодорожную станцию Емца.

Корректно: была в Мохиревой, в Ипатовой.   

Корректно: Приехал из аббатства Даунтон, родом из монастыря Брендон.  

На этот вопрос в справочной литературе можно найти противоположные ответы. В «Справочнике по правописанию, произношению, литературному редактированию» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указано, что названия рек согласуются с родовым наименованием, и приведен пример между реками Обью и Енисеем. В то же время другие пособия указывают, что с географическим термином река наблюдается тенденция склонять названия женского рода и не склонять названия мужского рода: у реки Волги, но на реке Енисей.

На практике встречается как склонение, так и несклонение названий рек в подобных конструкциях, ср.: 

• Пространство между реками Доном и Непрядвой называлось Куликовым полем. С. Голицын. Сказания о земле Московской (1968-1988)
• Трудно было пробираться речными путями на Пясину, поэтому решили установить морскую связь между реками Енисей и Пясина. М. Белов. Мангазея (1969) 
• Пять тысяч лет назад такими «умными соседями» оказались жители двух речных долин — на Ниле (Египет) и между реками Тигр и Евфрат (Месопотамия). А. Алексеев. Из жизни древнего Египта // «Наука и жизнь», 2007

• Между реками Енисеем и Хатангой (в так называемом Енисей-Хатангском региональном прогибе) открыты газовые залежи, и специалисты прогнозируют наличие здесь нефти. Е. Сидорова. Притяжение Арктики // «Наука в России», 2012.

Таким образом, допустимы варианты, и окончательное решение в подобной ситуации — за автором (редактором) текста. Ошибки в любом случае не будет.

Да, склоняются, хотя это явная примета разговорного стиля речи. 

Корректно: в "Реале" (Мадрид), в мадридском "Реале", в мадридской команде "Реал". 

См. также 258086

Да, склоняются: на р. Оке. 

Правильно: Директору АНО «Центр поддержки предпринимательства "Мой бизнес"».

В литературном языке названия республик женского рода, оканчивающиеся на -ия, -ея, согласуются со словом республика, т. е. склоняются. Литературная норма: в Республике Адыгее, о Республике Калмыкии. Однако в официально-деловой речи, в документах название часто остается в именительном падеже.

Названия газет и журналов при отсутствии родового слова склоняются, однако в приведенном примере склонение (как и употребление без родового слова) нежелательно.