Да, верно, слова не являются однокоренными.

В словарях ударений слово скрипт пока не зафиксировано. Но в некоторых толковых и орфографических словарях отмечается, что ударение в формах этого существительного должно сохраняться на основе (скрИпта, скрИпту). По Зализняку это та же модель, что и у слова завод. Ей же соответствуют другие слова мужского рода, оканчивающиеся на пт, например: рескрипт, манускрипт.

Если личные окончания глагола ударные, то спряжение определяется по окончаниям, при этом не имеет значения, какой гласный в неопределенной форме глагола. Глагол кипеть относится к II спряжению (кипишь, кипят). К тому же спряжению относится и производный от него глагол выкипеть. См. также «Горячие вопросы».

Корректно: нет скрИпта. О каких разных значениях речь?

Это слово образовано постфиксальным способом. Словообразовательная цепочка, демонстрирующая этапы образования слова летучий, выглядит следующим образом:

лететь → лет-уч-ий (ср.: скрипеть → скрип-уч-ий; значение, которое вносит суффикс -уч- ― ‘характеризующийся действием, названным производящим глаголом’) → у-летучить (ср.: влажный → у-влажн-и-ть; значение, которые вносят приставка у- и суффикс -и- ― ‘наделить тем признаком, который назван производящим прилагательным’) → улетучить-ся (ср.: умыть → умыть-ся; постфикс -ся вносит собственно-возвратное значение).

Корректно: в скрИпте.

Оба сочетания возможны в разговорной речи.

Склонение мужской фамилии Скрипец обязательно. Но Вы можете выбирать, как склонять фамилию: с выпадением гласного (Скрипца, Скрипцу и т. д.) и с сохранением гласного (Скрипеца, Скрипецу и т. д.). Предпочтителен второй вариант склонения, так как в этом случае из косвенных форм легко вывести начальную форму фамилии. 

Если иноязычная фамилия сопровождается мужским и женским именем, то она обычно сохраняет форму единственного числа. Корректно: Сергея и Юлии Скрипаль.