Следует писать с большой буквы: Анапский район.
Корректно дефисное написание, так как прилагательное образовано от названия населенного пункта, включающего имя и фамилию (Бободжан Гафуров). Ср.: Лев-Толстовский район (от названия поселка Лев Толстой). См. также правило (пункт 3).
Верно: три автономные некоммерческие организации.
Рекомендуем такой вариант: передало в собственность Аургазинского муниципального района Республики Башкортостан.
В сочетании с родовым словом район название Черемушки не склоняется. Верно: в районе Черемушки, из района Черемушки.
Правильно с тире: Ханты-Мансийский автономный округ – Югра.
Поскольку оба названия имеют в дательном падеже одну и ту же форму, определить затруднительно.
Правильно с прописной (большой) буквы.