Аббревиатура СИЗО пишется прописными. По приведенному Вами отрывку нельзя однозначно ответить, нужна или не нужна запятая перед как. Приведите предложение полностью.
Деепричастный оборот, в начале которого стоят частицы только, лишь, интонационно не отделяется от предшествующей части предложения (при чтении пауза перед ним не делается), но запятая перед ним обычно ставится: Скоординировать свои действия преступники могли, только находясь в СИЗО.
Запятые уместны.
Действительно, первый вариант допускает двоякое толкование. Фразу следует перестроить, руководствуясь логикой.
Предложенный Вами вариант корректен.
Запятая перед как обязательна, она отделяет главное предложение от придаточного.