Все варианты правильные. В современном литературном языке в количественном (партитивном) значении род. п. в письменной речи преобладает форма на -а (чашка чая). Но в разговорной речи часто употребляется флексия -у, особенно в глагольных конструкциях со значением неполного объекта (хочу чаю, добавить сахару и т. п.). Винительный падеж (хочу чай) также возможен, т. к. речь идет о конкретном объекте.
Верно: час че.
Обособление не требуется.
Корректно: два академических чáса, три последних чáса.
Все три варианта возможны.
Правильно: «Ура-а-а!». Полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина указывает: для передачи протяжного звучания гласных, раскатистого р и других особенностей произношения используется дефис.