Название обычно не склоняется, если род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают. Верно: музей, школа села Прасковея.
Приложения-топонимы среднего рода, оканчивающиеся на -е, -о (но не на -ово, -ево, -ино, -ыно), охвачены в современном русском языке тенденцией к несклоняемости. Корректно: жители села Городище.
Первая часть сложных слов мега... пишется слитно: мегазаведение, мегагений.
При употреблении в сочетании с родовым словом согласование не требуется: жители села Ясная Поляна.
Название лучше не склонять. Подробнее см. ответ на вопрос № 271037.
Ваши предположения верны: после слова третьего нужно поставить запятую. Названия районов, областей и т. д., обозначающие местонахождение поселков, деревень и т. д., относятся к уточняющим обстоятельствам, см. параграф 22.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.
Первая часть сложных слов мега... пишется слитно (в том числе и с прилагательными).