Написание буквы з в слове низвергнутый (а также в родственных словах с начальной частью низверг(ж), например: низвергать, низвергнуть, низвержение) подчиняется правилу о приставках на з/с. Приставка выделяется при сравнении со словами свергнуть, отвергать, повергнуть. В орфографии принят более этимологичный подход к членению слова на морфемы, чем в морфемике. Этим часто объясняются расхождения в морфемном членении слова в разных источниках.
В современном русском языке метро – существительное среднего рода. Но когда-то это слово, действительно, употреблялось как существительное мужского рода. В газетных статьях 1930-х годов, посвященных открытию Московского метрополитена, можно было встретить сочетание метро удобен для пассажиров. Подобная трансформация произошла и с существительным авто (вспомним у Вертинского: В пролеты улиц вас умчал авто). На наших глазах подобный процесс происходит и со словом кофе, которое уже допустимо употреблять как существительное среднего рода в разговорной речи; весьма вероятно, что через несколько десятилетий этот вариант станет основным.