Первые части Сан-, Санта-, Санто- в подобных названиях присоединяются дефисом: Санто-Спирито, Сан-Лоренцо, Санта-Мария делле Карчери и т. д.
Правилен первый вариант. На стыке частей сложного или сложносокращенного слова возможны только такие переносы, которые соответствуют членению слова на значимые части, ср.: авто‑прицеп, лесо‑степъ, ново‑введение, двух‑атомный, трёх‑граммовый, пя‑ти‑граммовый, спец‑одежда, спец‑хран, сан‑узел, гос‑имущест‑во, дет‑ясли.
Настоятель и иерей — неоднородные приложения к имени (должность и степень священства соответственно); обособление какого-либо из этих компонентов не требуется: Настоятель храма Ильи Пророка иерей Константин Воронов принял участие в торжественном событии.
SantaMariadelFiore.jpg" width=134 align=left border=0>Правильно дефисное написание. В нашем издании справочника А. Э. Мильчина зафиксировано: названия церквей и соборов с элементами Сан-, Санта-, Сент- пишутся с прописной буквы через дефис (см.: А. Э. Мильчин, Л. К. Чельцова. Справочник издателя и автора. М., 2003. С. 80). Такая же рекомендация приведена и в «Русском орфографическом словаре» РАН:
Сан-... - первая часть геогр. и др. наименований, пишется через дефис, напр.: Сан-Марино (государство), Сан-Ремо, Сан-Сальвадор, Сан-Себастьян, Сан-Диего, Сан-Хосе (города), Сан-Паулу (город и штат), Сан-Карло (собор и театр)
Санта-... - первая часть геогр. и др. наименований, пишется через дефис, напр.: Санта-Крус (город, остров, река, провинция), Санта-Барбара, Санта-Клара, Санта-Мария (города), Санта-Лючия (поселок), Санта-Кроче (церковь)
То же в названиях церквей, храмов, состоящих из нескольких слов: Санта-Мария дель Фьоре, Санта-Мария делле Грацие, Сан-Пьетро ин Винколи и др.