В кавычки заключаются только названия, не сочетающиеся синтаксически с родовым словом (и в таких названиях пишутся с прописной буквы первое (или единственное) слово и собственные имена), например: посетил музей «Садовое кольцо». Если синтаксическая сочетаемость присутствует, кавычки не нужны: посетил Третьяковскую галерею, посетил Русский музей.
Можно сослаться на «Справочник по оформлению нормативных правовых актов в Администрации Президента Российской Федерации», в котором зафиксированы сочетания федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Исследовательский центр частного права имени С. С. Алексеева при Президенте Российской Федерации»; федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Российская академия народного хозяйства и государственной службы при Президенте Российской Федерации».
Ответ на вопрос № 284410 исправлен.
В названиях музеев с большой буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные: Музей кукол, Государственный Русский музей, Государственный музей изобразительных искусств им. А. С. Пушкина.