В большинстве случаев лучше написать: в Ярославле. В канцелярской речи часто встречается: в городе Ярославле.
Исторически это притяжательные прилагательные.
Мы уже отвечали на этот вопрос, обратитесь к архиву Справочного бюро.
Если предложение продолжается, запятая нужна.
1. О рисунке кавычек читайте в "Письмовнике" на нашем портале.
2. Корректно: инфраструктура Москвы, Ярославля, Петрозаводска. Допустимо в канцелярской речи: ...города Москвы, города Ярославля и т. д.