Перед нами, скорее всего, сложное предложение, обе части которого неполны.

В первой части нельзя видеть номинативное предложение, потому что оно ничего не описывает (стандартная функция номинативных предложений — именно описание): оно характеризует неназванный предмет — например, чье-то сочинение. Однако однозначно восстановить предложение до полного не позволяет отсутствие контекста. Это могут быть, например, такие варианты: (1) Данное сочинение — набор слов; (2) В данном сочинении я вижу только набор слов; (3) В данном сочинении есть только набор слов.

Вторая часть может интерпретироваться как безличное предложение: [В чем-то (например, в данном сочинении)] нет никакого смысла. Но она же может интерпретироваться, скажем, и как продолжение первой части в варианте (2): В данном сочинении я вижу только набор слов — и [не вижу] никакого смысла.

Однозначного ответа на поставленный Вами вопрос быть не может, потому что неизвестен контекст, вследствие чего невозможно установить, как именно должны быть восполнены опущенные члены предложений.

Если подразумевается вариант (2), то запятая не нужна, но можно поставить тире. Вижу и не вижу можно рассматривать как однородные сказуемые, можно видеть здесь и сложносочиненное предложение, но запятая и в нем не нужна, так как есть общий второстепенный член В данном сочинении.

Если подразумевается вариант (1) с продолжением Данное сочинение — набор слов, и в нем нет никакого смысла, запятая нужна.

Если подразумевается вариант (3) с продолжением В данном сочинении есть только набор и нет никакого смысла, то запятая отменяется наличием общего второстепенного члена В данном сочинении.

Как видите, без знания контекста ваш спор решить нельзя.

Нам представляется, что никакого искажения смысла не произойдет даже в том случае, если читатель отнесет местоимение им к существительному глаза, а не к существительному мухи. 

Помета затрудн. может по-разному интерпретироваться лексикографами. В Грамматическом словаре А. А. Зализняка она является в большей степени описательной, нежели нормативной. В предисловии к словарю помета комментируется так: «носители литературного русского языка в тех случаях, когда им в речи требуется по смыслу данная форма, обычно испытывают затруднение и нередко предпочитают обойтись вообще без этой формы, заменив слово синонимом или перестроив синтаксическую конструкцию» (подробнее см. в электронной версии словаря; нужный фрагмент начинается со слов «Сложную проблему для грамматического словаря...»). Нормативная оценка форм, образование которых вызывает затруднения, будет разной, вопрос о нормативности для таких форму решается индивидуально.