Это сложные предложения с прямым вопросом, в них кавычки не нужны: 

Разумеется, возникает вполне логичный вопрос: почему именно в последние 10–15 лет так много говорится о медицинской практике, основанной на принципах доказательности, почему сегодня это направление одно из самых перспективных в медицине?

Когда между группой случаев в контрольной группе установлено различие по частоте встречаемости фактора риска, необходимо задать вопрос: действительно ли уровень встречаемости фактора, наблюдаемый в контрольной группе, ожидаемый среди всего населения? Или вопрос можно задать по-другому: могут ли представители данной контрольной группы иметь к изучаемому фактору необычно высокий или низкий уровень подверженности, существенно отличающийся от всего населения, в отношении которого проводится исследование?

О таких предложениях писал Д. Э. Розенталь: «Двоеточие ставится перед прямым вопросом, включенным в состав бессоюзного сложного предложения: Спрашивается теперь: что же делало наше общество в последние 20–30 лет? (Доброл.); Одного только я не понимаю: как она могла тебя укусить? (Ч.); До сих пор удивительным и неразгаданным остается: кто же в эту роковую ночь дивизионную школу снял с караула? (Фурм.); Я прошел к калитке по мокрой траве, испытывая тревогу: кто же рассмотрит первый трактор в таком непроглядном тумане? (Перв.)».

Перед это следует поставить запятую, а не тире.

В приведенном предложении пунктуационной ошибки нет. Между частями сложносочиненного предложения запятая не ставится, так как части представляют собой побудительные предложения (Розенталь Д. Э. Справочник по пунктуации для работников печати. М.: Книга, 1984. § 30, п. 3). Более сложный вопрос — об обособления придаточной части что хочется. Д. Э. Розенталь указывает, что обособляются придаточные части, являющиеся неполными предложениями. Среди его примеров есть близкие к нашему: Проходите, кто уже с чеками; Женится, на ком захочет.

Что хочется – это неполное придаточное предложение, как и в примере Женится, на ком захочет. Неполные придаточные нужно отличать от цельных по смыслу выражений, которые не обособляются. Ср.: Пусть наполнится радостью дом и что угодно произойдёт! 

Если придаточная часть находится после сочинительного союза, то рядом оказываются два союза или союз и союзное слово. В таком случае запятая между союзами ставится или не ставится на основании особых правил. Запятая ставится, если придаточную часть можно переставить в другое место предложения. В нашем случае такая перестройка возможна: ...и произойдет, что хочется.

Пунктуация верна.

Оба ответа искусственного интеллекта неверны, а предложение не из трудных. Оно сложноподчиненное, союз как связывает части, перед ним нужна запятая.

В учебнике представлены основные случаи постановки знаков препинания. Полное правило можно прочитать в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), см. параграф 136.

Вводным сочетанием скорее всего начинается третья часть сложного предложения, соединенная со второй частью бессоюзной связью. Эта часть имеет значение причины, обоснования (отвечая на вопрос «Почему его уже не было?»), и вместо тире лучше поставить двоеточие.

Подобные случаи не кодифицированы, но мы согласны с Вами. Двоеточие после глагола говорим относится к обеим процитированным фразам, повторять его не требуется; запятая перед одиночным разделительным союзом или не нужна.

Пунктуация в приведенных фразах верна, других знаков препинания не требуется.