Такое сочетание некорректно. Правильно: выразить протест или оказать сопротивление, например.
Сочетание некорректно. Протест можно подать, выразить, заявить; а наложить можно запрет или вето.
Это не тавтология.
Нужно писать строчными буквами: протест прокуратуры. Юридический термин: протест прокурора.
Можно обратиться в Институт русского языка им. В. В. Виноградова РАН: www.ruslang.ru
Возможны варианты. Обстоятельственные обороты «несмотря на + существительное» обычно выделяются знаками препинания (запятыми). Но при тесной связи оборота со сказуемым (если смысл предложения: здание не просто было уничтожено, а уничтожено именно вопреки протестам) запятая не ставится.
1. Запятая не требуется. Сочетание составили протест не вполне корректно. Возможный вариант: Пять князей и 14 городов — сторонников лютеранства выступили с протестом. 2. Предпочтительно: не допустить роста цен.