Возможны варианты. Обстоятельственные обороты «несмотря на + существительное» обычно выделяются знаками препинания (запятыми). Но при тесной связи оборота со сказуемым (если смысл предложения: здание не просто было уничтожено, а уничтожено именно вопреки протестам) запятая не ставится.
Да, запятая нужна, чтобы обособить оборот с предлогом "несмотря на".