Правильно: никому не ведомый смысл.
Да, эти слова являются однокоренными. Словообразовательная цепочка, демонстрирующая связь между ними, выглядит следующим образом:
мысль → мыслить → смыслить → смысл.
Приставка с- выделяется как в производном глаголе смыслить, так и в образованном от него существительном смысл.
В Ваших примерах предпочтительно слитное написание. Но: проникнуть в глубь и в сущность.
Любитель – это: 1) тот, кто имеет склонность, пристрастие к кому-, чему-либо (любитель живописи); 2) тот, кто занимается чем-либо не как профессионал, а из интереса (фотограф-любитель), а также тот, кто занимается чем-либо без должной подготовки, дилетант (рассуждает как любитель). С обоими значениями слова любитель соотносится слово женского рода любительница. См. словарную фиксацию.
Во всех приведенных примерах корректно слитное написание.
В современном языке данный предлог находится еще в стадии формирования, поэтому возможны варианты. Более обоснованным представляется здесь слитное написание: вглубь завоеванной нами территории. Ср.: в глубь океана (=в глубину).
Вопрос не имеет однозначного ответа. Исторически во всех названных словах общий корень, однако значения слов возникнуть и вникнуть утратили изначальную связь с семой "направленного движения куда-либо", этим можно объяснить невыделение приставок на синхронном уровне описания языка.
Да, нужно обособить определения: Украшения, лишенные смысла, бесполезны, а вещь, имеющая смысл, ценится гораздо больше.