Если вводное слово стоит в начале обособленного оборота – запятые ставятся перед вводным словом и после всего обособленного оборота. После вводного слова запятая не ставится. Поэтому верно: СБУ углядело в действиях "тоталитарного режима", надо полагать российского...
Запятая поставлена верно.
Оба варианта корректны.
Правильно: прилагать усилия. С глаголом совершенного вида приложить в значении 'направить действие чего-л. на что-л., применить' соотносится глагол несовершенного вида прилагать.
В зависимости от контекста могут использоваться разные формы.