Названия кафедр (как и факультетов) пишутся со строчной буквы: кафедра прикладной математики.
Мацони - существительное среднего рода. Верно: прохладное мацони.
Дефис в этом названии следует заменить на тире (с пробелами).
Слово прикладной уже подразумевает практическую направленность, а следовательно, сочетание лексически избыточно.
В этом предложении не нужны запятые. Само по себе слово иногда не требует знаков препинания, пунктуация зависит от строя предложения.
Запятая перед насколько нужна.