Оба варианта являются правильными. Смысловые нюансы, различающие выражения, предопределяются авторским замыслом, а его можно сверить со словарными толкованиями глаголов исполнить и выполнить.
Верно: дать поручение (=поручить); издать поручение (=опубликовать).
Наращение не требуется: 5 неизвестными. Но лучше писать буквами: пятью неизвестными.
Инициалы обычно ставятся перед фамилией, исключение составляют лишь алфавитные списки и библиографии. Верно: поручение В. В. Путина.
В непринужденной речи возможны обе конструкции.
Запятая поставлена правильно.
Нет, здесь возможно только раздельное написание. Можно перестроить фразу, например: Вопреки п. 2 протокола не исполнено поручение...
Запятая нужна. Причастный оборот содержащееся в пункте 2 надо выделить запятыми с обеих сторон.