В разговорной речи выражение с пустого места обычно употребляется в описаниях чьей-либо созидательной деятельности и в сочетании с тематически близкими глаголами, такими как начать, приступать, организовать, формировать, например: с пустого места дело начали; начинать не с пустого места; приступаем к расследованию не с пустого места; с пустого места дело не поставишь; страна, возникающая в каком-то смысле с пустого места . Кроме того, выражение может быть использовано в рассуждениях о причинах (началах) чего-либо, часто в конструкции с отрицанием: не с пустого места что-то взять (взялось); уверенность бралась не с пустого места; с пустого места чуть не наклепал (в значении 'оговорил, ложно обвинил'). Возможно, встретившиеся Вам примеры отличаются от приведенных, но, увы, судить об этом нельзя, так как ни один из них не упомянут.

Ваш вариант пунктуации правильный. Если важно сохранить восклицательную интонацию, то нужно разделить предложение на два: Пять минут в микроволновке — и вуаля! У вас на столе вкусный и полезный завтрак.

Не видим разницы между приведенными Вами примерами и примером из справочника Д. Э. Розенталя «Пунктуация» Вспомните, «как хороши, как свежи были розы». Запятые перед открывающими кавычками в приведенных Вами примерах нужны на основании именно этого правила.