Из контекста следует, что дети ели в школе мало, плохо питались, поэтому верно слитное написание: дети недоедали в школе. Ср.: Дети никогда не доедали (то есть не съедали до конца) своих порций, так как перемены были короткими.
Первая запятая не нужна. О знаках препинания в конструкциях с составными подчинительными союзами можно прочитать в «Справочнике по пунктуации».
Разница в семантике глаголов. Пойти = начать идти. Пообедать = закончить обедать. Таким образом, можно образовать побудительные предложения с глаголами в форме мн.ч. прошедшего времени, если эти глаголы обозначают начало какого-то совместного действия (Поехали! Начали! Приступили!). Но при этом в ед. ч. возможны и конструкции с другим - приказным - значением: Встал и вышел из класса! Быстро пообедал и вернулся!
