Слово помысел означает 'мысль, намерение, замысел' и не несет негативного оттенка. Сочетание чистые помыслы корректно.
Судя по всему, обстоятельство от помыслов шалых относится к обеим грамматическим основам этого предложения. Если так, то запятая не нужна.