С точки зрения языка оба варианта верны.
Согласую - что сделаю (в будущем); согласовываю - что делаю (сейчас).
Запятые не нужны. Не обособляется деепричастный оборот, если перед ним стоит усилительная частица и.
Опечатка исправлена. Большое спасибо за замечание!
Правильно: настоящим подтверждаем (= настоящим / данным сертификатом подтверждаем).
Если имеется в виду Комиссия подтверждает, что ввод в эксплуатацию выполнен, то Ваш вариант неверен, его следует перестроить.