Постановка кавычек не требуется, но лучше написать агент Икс (во избежание прочтения читателем как "агент Ха").

Год был прорывным.

В предложении нужно выделить причастный оборот, стоящий после определяемого слова: Подрядной организацией в помещениях института, расположенных по адресам ул. Большая Академическая и пр-т Мира, проводится замена окон. Обороты ул. Большая Академическая и пр-т Мира можно рассматривать как однородные несогласованные определения к слову адресам и пунктуационно от него не отделять. Обратите внимание: слова улица и проспект нужно дать в одинаковой форме — или сокращенной, или полной.  

Можно написать позывной как прозвище: Плохой Солдат (без кавычек, оба слова с большой буквы).

1. Оба варианта возможны. 2. Правильно с наращением. 3. Запятая необязательна.