Если договор подписал генеральный директор, то верно: договор, подписанный генеральным директором.
Запятая не нужна.
Можно так: подписанный сторонами с помощью электронно-цифровой подписи.
Верно: Аемшей (Аемшой) Геннадием.
Две буквы н пишутся, так как в форме слова (он) подлинен появляется так называемая беглая гласная.
Варианты различаются по смыслу. Видимо, правильнее: экземпляр, подписанный (обратите внимание, что нужно поставить запятую).
Да, вводное слово казалось бы обособляется.