Правильно: пусконаладочные.
Корректно с предлогом "для".
Лучше добавить слово документ: Утвержденный документ «Программа и методики испытаний».
Оба конструкции корректны, но слово комиссия пишется с одним м и двумя с, а запятая перед в составе не требуется.
Корректно: договоры о проведении испытаний.
Пунктуация верна.
Корректно: договор о проведении испытаний.