Причастный оборот нужно обособить - поставить запятую. Но этого недостаточно, нужно перестроить фразу, поскольку слова "или при невозможности осуществить ими погребение" не согласуются с предшествующей частью предложения.

1. Вариативно: ...гасит прегрешения, подобно тому как вода гасит огонь; ...гасит прегрешения подобно тому, как вода гасит огонь.

2. В смысле "стремление - это вера"? Тогда нужно тире.

Правильно: погружение в недра знаний.  

Возможны два варианта пунктуации – с кавычками и без. Кавычки нужны, если важно подчеркнуть, что чужая речь передается дословно.

Корректность двух последних из приведенных Вами примеров (бессоюзного сложного и сложноподчиненного предложений) не вызывает сомнений. Что касается возможности употребления сочетания становится ясно в роли вводного, то она сомнительна. Важным формальным свойством вводных конструкций является отсутствие грамматической  связи с каким-либо членами или частями предложения, из чего следует ещё одно свойство — способность занимать в предложении любую позицию: начальную, срединную, конечную. Сочетание становится ясно едва ли возможно «передвигать» из начальной позиции в какую-то другую, сравним: ^?Чрезмерное потребление, становится ясно, духовно обедняет человека; ^?Чрезмерное потребление духовно обедняет человека, становится ясно. При этом, конечно, ничто не мешает выделить эту конструкцию в срединной позиции как вставку (такое возможно с любой частью предложения): Чрезмерное потребление — становится ясно — духовно обедняет человека.

В непринужденной разговорной речи такое произношение слова возможно.

Крипта - часовня под храмом, использовавшаяся как место для погребения почетных людей (в средневековой западноевропейской архитектуре).

По замыслу авторов, ответ, возможно, должен сводиться к тому, что здесь прощай — глагол, главный член определенно-личного предложения, поскольку всё упражнение нацелено на выявление учениками именно таких предложений. Но на самом деле прощай(те), конечно, давно не глагол, а междометие — так же, как и здравствуй(те). В парадигму словоизменения глагола прощать это междометие не входит: у глагола другое значение (ср. Всегда прощай своим близким мелкие прегрешения). Поэтому разумнее расценить включение в упражнение этого фрагмента как ловушку — и объяснить ученикам, что прощай было определенно-личным предложением в незапамятные времена (задолго до Пушкина!), а затем, в результате регулярного употребления в качестве формулы прощания, отделилось от глагола и превратилось в междометие.

Попутно можно дать школьникам и представление о том, что не всякое высказывание опирается на грамматическую модель предложения.