Правильно: слоеный пирог (сделанный из слоеного теста).
Правильно со строчной: почетный гражданин Санкт-Петербурга.
Запятая нужна.
Правильно: почетный член Императорской академии наук.
Правильно: прощённый долг (но: Прощёное воскресенье – устойчивое сочетание).
Да, именно так: нужны две буквы Н.