Нет, в современном русском языке эти слова уже не являются однокоренными (хотя исторически воплотить, конечно, восходит к плоть).
Слово плоть не употребляется в форме мн. ч.
Указанная запятая нужна.
Количество вставных конструкций внутри вставных конструкций нигде не регламентировано. Но здравый смысл подсказывает, что если их окажется больше двух, то текст будет плохо понятен читателю. Кстати, в правилах пунктуации указано: если вставка заключена в скобки, то внутренние вставные конструкции выделяются тире.
Верно написание с одной буквой Н.