Определения добросовестный и плодотворный при соответствующей интонации могут выступать как однородные и разделяться запятой. Но обычно запятая в этом сочетании не ставится.
Лучше так (с точки зрения пунктуации): Благодарность за многолетнее действенное и плодотворное сотрудничество. Со смысловой точки зрения слова действенное и плодотворное дублируют друг друга, что-то нужно убрать.