Обстоятельство в ваннах относится только к первой части предложения, поскольку во второй части есть обстоятельство в них (то есть тоже в ваннах).
Верен второй вариант.
Оба варианта верны. «Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указывает: «При наличии в количественно-именном сочетании слова несколько возможна постановка сказуемого как в форме единственного, так и в форме множественного числа».
Если говорить о правильности получившейся фразы, то вызывает сомнения употребление слов дивно пахучий.
Здесь возможно и единственное, и множественное число сказуемого. Обычно, если автор текста стремится обратить внимание на количество, названное в подлежащем, выбирается форма единственного числа (шесть уток плавало). Но и множественное число (шесть уток плавали) ошибкой не будет.
Правильно: Недалеко от деревни мы обнаружили небольшое озерцо, у берегов которого плавали дикие утки.