Верно: В отчетный период контролировалось исполнение...
Корректно: на второй и третий годы.
Период времени – грамотное выражение, однако характеризующееся "канцеляризмом" (преимущественной употребительностью в официально-деловой речи).
Верно: в период.
Второй вариант лучше.
Не вполне ясно, какие именно высказывания с двумя названными сочетаниями следует рассмотреть. Сочетание в период предполагает, что начисление неустойки может быть произведено в любой из моментов времени названного периода. В выражении начисление неустойки за период речь идет о промежутке времени, который учитывается при начислении неустойки.
Традиционное написание: "голубой период".
Если имеется в виду "во время расчетного периода", то правильно: при выявлении... в расчетный период.
Правильно: Линнеев, но линнеевский.
Период, в течение которого услуга не предоставляется - это период непредоставления услуги.