Если слово перекур употребляется в значении «короткий перерыв для курения или вообще отдыха во время каких-л. занятий», то кавычки ставить не нужно.
Слово «перекур» образовано от глагола «перекурить» бессуффиксным способом, то есть путем отбрасывания суффикса.
Считаем первое сочетание некорректным.