Инициалы имени и отчества принято писать перед фамилией. Исключение составляют алфавитные списки (как, например, в школьном классном журнале).

При адресовании документа должностному лицу инициалы ставятся перед фамилией, при адресовании физическому лицу - после нее. Подробно см. здесь.

Обычно инициалы имени и отчества пишут перед фамилией (и произносят тоже сначала имя и отчество, потом фамилию), но в некоторых случаях порядок обратный (например, во всех алфавитных списках).

При адресовании должностному или физическому лицу инициалы указывают перед фамилией: И. И. Иванову, А. А. Петрову.

В подписи инициалы также целесообразно поставить перед фамилией. Инициалы разделяются пробелами.

Лучше расположить в таком порядке: командир отделения капитан И. И. Иванов.

Воинские звания, стоящие непосредственно перед фамилией, не являются однородными по отношению к предшествующим приложениям: командир соединения капитан 2-го ранга Е. Л. Леонов; профессор, доктор технических наук генерал-майор С. Г. Сорокин; Герой России, лётчик-испытатель 1-го класса, кандидат технических наук полковник Н. Н. Иванов.

Но: полковник медицинской службы, член-корреспондент АМН, профессор И. П. Петров — распространенное приложение, обозначающее воинское звание, не стоит непосредственно перед фамилией.

1. Написание зависит от типа подразделения. Например, в названиях институтов, входящих в состав университета, первое слово пишут с прописной, а название кафедр, отделов – со строчной. 

2. Положение инициалов по отношению к фамилии в некоторых случаях регламентируется. Например, в соответствии с ГОСТ Р 6.30–2003 «Унифицированные системы документации. Унифицированная система организационно-распорядительной документации. Требования к оформлению документов» при адресовании документа должностному лицу его инициалы указывают перед фамилией; при адресовании документа физическому лицу указывают сначала фамилию, потом инициалы; в грифе утверждения документа инициалы ставятся перед фамилией. Новый стандарт (ГОСТ Р 7.0.97–2016 «Система стандартов по информации, библиотечному и издательскому делу. Организационно-распорядительная документация. Требования к оформлению документов»), который подготовлен взамен ГОСТ Р 6.30–2003 и будет введен в действие 01.07.2018, содержит в некоторых случаях иные рекомендации.