Верно: задолженность по пене. В дательном падеже слово пеня имеет окончание -е. Обратите внимание, что в значении 'штраф' это слово обычно употребляется во множественном числе, корректный вариант: задолженность по пеням.
Современная норма: начисляются пени.
Запятая после иска не требуется.
Сейчас в значении "штраф" используется форма пени. Вариант пеня считается устаревшим.
Перечитали Ваш вопрос трижды и не нашли противоречий. Действительно, форма единственного числа (пеня) считается устаревшей, и рекомендуется употреблять форму множественного числа: пени, пеней, пеням и т. д.
Запятая перед пени не нужна.
Оплатить – то, за что платят: учебу, поездку, лечение, услуги... Уплатить – то, что платят: взнос, штраф, пени... Из приведенных Вами вариантов надо выбрать уплачивается, а еще лучше – написать выплачивается. Обратите внимание: правильно по завершении отчетного периода.
Оплатить – то, за что платят: учебу, поездку, лечение, услуги... Уплатить – то, что платят: взнос, штраф, пени...
Правильно: пени, пеней, пеням и т. д.