Эти предложно-именные сочетания неоднозначны (имеют по нескольку значений), поэтому без конкретных контекстов разницу объяснить трудно: это займет несколько страниц текста. Обратим внимание лишь на некоторые значения.

Сочетание "в пути" может употребляться в значении "во время пути", "в течение путешествия": В пути мы познакомились с Владимиром.

Сочетание "по пути" может использоваться в выражении "нам по пути" (у нас общая цель путешествия, общие задачи): Ты хочешь добиться повышения зарплаты? Значит, нам по пути.

Сочетание "на пути" может обладать пространственным значением: "на поверхности дороги". На нашем пути встала непреодолимая преграда. 

Верно: два подъездных пути.

Возможные варианты: в четырех из пяти субъектов и в четырех субъектах из пяти.

Верно: более пяти с половиной тонн.

Предлог в в данной конструкции избыточен, хотя конструкции с этим предлогом встречаются в русской классической литературе. 

Правильно: На ста тридцати пяти тысячах объектов. Подробнее см. в «Письмовнике».