Слово пароли существует. Но это не форма множественного числа слова пароль, а несклоняемое существительное среднего рода, означающее двойную ставку в карточной игре. Именно эту словарную статью Вы и встретили. А форма мн. числа слова пароль – только пароли.
Пунктуация верна.
Ударение на окончание в этих словах не переходит. Правильно: пароли, шифры.