Если имеется в виду, что "рыбьи" паразиты распространяются непосредственно на рыбах или внутри них, то следует предпочесть второй вариант.
В обоих случаях для постановки запятой нет оснований.
Нет, запятые ставить не надо.
Корректно использование тире: морской водоём ― охладитель, водоём ― охладитель АЭС, рыбы ― хозяева Kudoa.