Гласный при склонении не выпадает: Вацлава Гавела, Вацлаву Гавелу и т. д.
Да, склоняется: р. п. - Палия, д. п. - Палию и т. д.
Верно: коза ностра.
Правильно: Райнера Марии Рильке, Райнеру Марии Рильке и т. д.
Запятая не ставится.
Ударение на втором слоге: Иисус Навин. См.: Агеенко Ф. Л. Словарь собственных имён русского языка. М., 2010.