Оба варианта правильны.
В этом предложении нет оснований для использования формы множественного числа. Верно: Амнистирован 7821 гражданин, отбывавший наказание в...
Название нужно писать так, как оно записано в уставных документах.
Корректно: система наказаний в российском уголовном праве.
Корректно: в размере двух тысяч рублей.
А. Э. Мильчин пишет, что разбиваются пятизначные числа, по некоторым руководствам - также четырехзначные (1 000).