Да, распространенное приложение после имени собственного следует выделять запятыми: Доктор Дикуль, главный ортопед страны, сказал...
Правильно: врач – стоматолог-ортопед.
В сочетаниях с приложением, если одна из частей в свою очередь является сочетанием с приложением и содержит дефис, употребляется тире: врач – стоматолог-ортопед (ср.: врач-стоматолог, врач-ортопед). Ответ на вопрос № 241277 исправлен.