Так сказать можно.
Верно: ...44 образовательных учреждения.
В значении "после окончания" верно: по окончании.
Возможны варианты в зависимости от смысла: устранены замечания к программе (замечания, которые были сделаны к работе программы) и устранены замечания программы (замечания, которые сделала программа).
Верно: Проведенные занятия по образовательным программам, (каким?) согласованным...
Нет оснований писать слово рамочный, европейские с большой буквы.
Возможны оба варианта. Выбор формы множественного числа объясняется логически, а форму единственного числа используют для указания на общность объектов (в этом случае часто в предложении употребляются и обобщающие слова).
Лучше: в образовательном органе.
Второй вариант предпочтителен.