Согласно "Морфемно-орфографическому словарю" А. Н. Тихонова, корень: обложк-, окончание: -а.
Информация доступна здесь.
Оба варианта возможны.
Корректно: ...на обложке его настольной книги — чеховского "Острова Сахалин".
Корректно: саммари книги.
Названия этих книг Ветхого Завета пишутся с прописной буквы без кавычек: Бытие, Исход, Левит, Числа, Второзаконие. Что касается использования этих названий со словом книга, то здесь на практике довольно большой разнобой, общеупотребительных правил нет. Как правило, слово Книга в этом случае тоже пишется с прописной, кавычки не используются: в Книге Бытия, в Книге Чисел.
Правила написания названий других книг Священного Писания и богослужебных книг можно найти в справочнике «Редакционно-издательское оформление церковных печатных изданий».
Оба варианта корректны.