Части предложения нужно разделить запятой: Ни в городе Богдан, ни в селе Селифан.
Правильно склонять: в городе Геленджике, города Геленджика.
Да, название нужно склонять.
Мужская фамилия Богдан склоняется. Правильно: в лице Богдана Владимира.
Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают (как в приведенном примере). Поэтому верно: в селе Николаевка.